更新后软件没自动启动，与开机出现两个窗口是不同问题。Clash Verge Rev 的 Windows FAQ 解释，安装会清理旧启动项；静默启动失效或任务管理器出现两个启动项，则可能需要在不同权限上下文中切换一次自启动设置。先辨认现象再处理，能避免把旧安装目录留下的问题误认为订阅故障。
更新后完全没有自启动
先手动启动当前安装位置的软件，确认版本号。按 FAQ 的处理方式，重新开关一次应用里的开机启动选项，再在下一次正常登录时验证。安装时清理旧条目，是为了避免名称变化或混乱路径造成多个进程。
如果手动启动的仍是旧版本，先检查快捷方式指向哪个目录。新旧程序并存时，开关设置可能改的是错误实例。不要在确认安装位置之前新增系统计划任务；这可能让两个启动机制同时触发。
静默启动失效或两个启动项
FAQ 给出的办法与平时运行权限有关：通常以普通权限运行的用户，可用管理员权限启动后切换一次开机启动；平时总以管理员运行的用户，则用普通用户权限切换一次，用于清除多余条目。这里应只对可信的已安装客户端执行，并注意退出旧实例。
切换前记录现有设置和快捷方式路径，切换后恢复希望使用的静默启动状态。管理员运行只是这项修复建议的上下文，不是要求以后所有浏览器和网络软件都以管理员启动。
怎样确认解决了问题
在一次正常重新登录后，检查是否只有一个当前版本实例，窗口显示是否符合静默设置，系统代理是否指向实际监听端口。若仍有两个实例，记录两者路径与版本，按 FAQ 继续核对，而不是批量删除注册表中的所有启动条目。
若实例唯一但网络不通，这是后续连接问题，应进入连接排查。自启动恢复本身不能证明节点可用。资料：Clash Verge Rev Windows FAQ。本文整理官方建议，没有实际修改读者的启动项。